Датой отсчета для Харьковского зоопарка стал 1890 год. Именно тогда у нескольких выдающихся жителей города родилась идея основать «акварий», который позже стал зоопарком.

Но обо всем по порядку, в 1890 году при Харьковском университете учеными был создан комитет, целью которого было основание учреждения для знакомства широких масс населения со сведениями о жизни морских и пресноводных рыб.

Но подготовительные работы занимали довольно много времени и только в 1892 году, харьковская Городская Дума на одном из заседаний рассмотрела вопрос учреждения аквария. А после была выбрана территория для строительства. Здесь инициаторы перенимали опыт зарубежных коллег и строили харьковский акварий по типу подобных западных учреждений.

Были у аквария и противники, критике подвергалась грандиозность всего проекта, и строительство предлагалось отложить до утверждения более основательного плана.

Также причастно к появлению зоопарка и основанное тогда же «Харьковское общество пчеловодов при обществе акклиматизации». Общество пчеловодов давало советы об обустройстве пассик, лечении болезней пчел. В 1894 году на тему пчеловодства была проведена первая выставка при Харьковском Имперском университете. Ректор разрешил расположить выставку на территории Университетского сада.

После постройки аквария пришел черед птичнику, а за ним появился вольеры для млекопитающих, водоплавающих птиц, помещения для сотрудников и охраны. Летом животных содержали на воздухе, зимой – в специальных обогреваемых помещениях.

Помимо выставок, в зоопарке проводились лекции, продолжалось строительство, постоянно пополнялась коллекция животных. Зоосад переживал падения, но энтузиасты всегда помогали вернуть ему былую славу. С 1928 года здесь появился зоомузей с выставкой чучел многих животных, которых посетители могли рассмотреть вблизи.

Для учащихся школ был открыт зоокружок, где молодому поколению с детства прививали любовь к природе и животным. С разных концов страны в харьковский зоопарк приходят различные делегации. Кроме того, при зоопарке действует зоомагазин, принимающий заказы на изготовление террариумов.